Студентські роки, аспірантура
У 1933 році Йосип Самуїлович був прийнятий студентом під Владивостоцький університет на фізико-математичний факультет.
Провчившись у цьому навчальному закладі два роки, він переводиться до Москви, де продовжує навчання на фізичному факультеті МГУ.
Закінчивши його в 1938 році, Йосип Самуїлович був прийнятий в аспірантуру державного астрономічного інституту їм. П. Штернберга (ГАІШ). Це структура була частиною МДУ. На кафедрі астрофізики молодий фізик-оптик починає своє сходження до вершин науки про зірки.
Захист дисертацій
З початком Великої Вітчизняної війни разом з інститутами Москви Йосип евакуюється в Ашхабад. Незважаючи на його прохання, Шкловського на фронт не взяли, внаслідок поганого зору. Повернувся в Москву разом з ДАІШ відразу ж після війни.
Перед цим, у 1944 році, в евакуації успішно захистив кандидатську дисертацію. Її темою були астрофізичні електронні температури.
У 1947 році Шкловський разом з колегами астрофізиками здійснив експедицію в Бразилію, де здійснив спостереження за повним сонячним затемненням і короною Сонця. Варто зауважити, що експедиція мала в своєму розпорядженні радіотелескоп, що було проривом для того часу.
Результати спостережень за світилом і проведені дослідження лягли в основу роботи, що описує теорію виникнення сонячної корони. На її базі в 1948 році захистив докторську дисертацію.