В адміністрації глави держави
Після обрання новим губернатором Ст. Матвієнко, він перейшов на роботу першим заступником представника президента в СЗФО. Де курирував питання взаємодії з центральною виконавчою владою. У 2003 році став керівником місцевого відділення “Єдиної Росії”.
Навесні 2004 року отримав призначення на посаду помічника російського президента, начальника контрольного управління адміністрації президента. У цьому ж році обрався до складу керівництва правлячої партії. В наступному році увійшов в президентську раду, що займається реалізацією пріоритетних національних проектів і відповідає за демографічну політику. Виступав за особисту відповідальність регіональних керівників за реалізацію нацпроектів.
Представник президента
Навесні 2008 року Бєглов отримав призначення на високий пост заступника керівника адміністрації президента Росії. З 2009 року очолює щойно створена Рада у справах козацтва при Президентові РФ і вважається щиро віруючою людиною. Хоча його колеги кажуть, що під час роботи Олександра Беглова в обкомі КПРС ця побожність ніяк не виявлялася. У 2012 році представив докторську дисертацію, присвячену виробництва сільськогосподарської продукції в козацьких громадах.
Навесні 2012 року після вступу на посаду президента Володимира Путіна його призначили повноважним представником президента в ЦФО. Олександр Бєглов працював на цій посаді п’ять років, поки в 2017 році його не перевели на таку ж посаду на Північний Захід країни.
