Арешт та смерть
У березні 1938 року жертвою сталінських репресій став і сам Заковський. Він був знятий з посади керівника Московського управління НКВС, переведений на посаду начальника тресту Камлесосплав. Але через місяць втратив і цієї роботи, зовсім був звільнений з НКВС. Його звинуватили в організації націоналістичної латиської групи в НКВС, а також у шпигунській діяльності на користь Польщі, Німеччини та Англії.
Заковського засудили до розстрілу. Вирок був приведений у виконання 29 серпня 1938 року. Після розвінчання культу особистості реабілітований не був.
Він згадується у листі Центрального комітету компартії партійному керівництву, в якому зазначалося, що установка на заходи фізичного впливу дала позитивні результати, але вони були изгажены деякими працівниками НКВС. У їх числі згадується і Заковський.
