Переклад в Сибір
Кар’єра Заковського в держбезпеки продовжилася на посаді повноважного представника по Сибіру і керівника Особливого відділу місцевого військового округу. До нового місця служби він прибув в 1926 році.
У 1928-му відповідав за особисту безпеку Йосипа Сталіна, коли той прибув з робочою поїздкою в Сибір. Вважається одним з організаторів колективізації в цих місцях. По лінії ОГПУ був відповідальним за заходи по розкуркуленню сибірських заможних селян.
У 1930 році очолював урядові сили в протистоянні з учасниками Муромцевського повстання. На наступний рік виступив з ініціативою вислати 40 тисяч сімей селян. Його ідея знайшла схвалення у вищого керівництва. Пізніше були розроблені конкретні заходи по організації переселення. У 1933-му відбулася ще одна депортація, в рамках якої вислали ще 30 тисяч сімей.
Був одним з ініціаторів створення табірної системи в Радянському Союзі, відомої як ГУЛАГ. У 1928-му в якості голови очолив трійку по Сибірському краю, створену для позасудового розгляду справ. Тільки за два місяці наприкінці 1929 – початку 1930 років їм надійшло і було розібрано 156 справ. За ним засудили майже тисячу осіб, 347 з них засудили до розстрілу.
Впродовж 1930 року трійкою були засуджені ще 16,5 тисяч осіб. Майже 5 тисяч з них отримали смертні вироки. Інші відправлені у табори і заслання. Заковський сам видавав розпорядження співробітникам комендатури, наказуючи розстрілювати засуджених.
Навесні 1932 року був переведений в Білорусію на ті ж посади. Через два роки став народним комісаром внутрішніх справ Білоруської республіки. На його рахунку гучне сфабриковану справу шпигунської та повстанської групи.
