Розподіл повноважень: складності
З часом стало очевидно, що створений управлінський апарат далеко не завжди ефективно виконує свої функції і відповідає державним завданням. І проблема полягала не тільки в зростанні кількості відомств. Суттю наказової системи стала нечіткість ієрархії і розподілу повноважень. Обов’язки багатьох з них перепліталися, часто всупереч один одному. Деколи в наказі могло виконуватися така кількість різнопланових справ, що він переставав відповідати своєму первісному функціоналу.
Поступово система наказів стала досить громіздкою і неповороткою. Судді і дяки часто «не відповідали займаній посаді», не виконуючи прямих обов’язків, зловживаючи своїм становищем. Незважаючи на явні недоліки, система зберігалася аж до реформ Петра I, а окремі накази проіснували до середини XVIII століття.
