Опричнина
Шляхом нововведень Іван добивається обмеження прав думи і посилення власних. Тепер він одноосібно визначає державних зрадників і вибирає їм міру покарання.
У 1565 р. Іван Грозний розділив державу на опричнину і земщину. Управління земщиной, як і раніше, велося спільно з думою. У опричнине, власному наділі, він став одноосібним правителем. Землевласники, які не бажають входити в опричнину, повинні були звільнити землі. Володіння дробилися і лунали наближеним царя. Охопила значну частину Московської держави опричнина розорила бояр, послабила їх могутність.
Дума кінця XVI – початку XVIII століть
Після смерті Івана Грозного вплив Боярської думи зросла. Налякані діями царя, боярство і дума в період з 1584 р. (смерть Івана Грозного) до 1612 р. (формування народного ополчення) намагалися зміцнити позиції. XVII століття характерний спокійними взаємовідносинами думи і царя, ніхто з них не намагався зайняти перші позиції.
Боярська дума проіснувала до 1711 р. Функції вищого органу законодавчої та виконавчої влади прийняв сенат, затверджений Петром I 19 лютого 1711 р.
