Перші обмеження
Після зради і втечі до Польщі Івана Виговського, який прийняв гетьманську булаву після смерті Б. Хмельницького гетьманом був проголошений Юрій, син Хмельницького. Тоді ж прийнято Переяславські статті 1659 р., за яким право контролю над козацьким гетьманством передавалося воєводам російського царя. Під влади гетьмана залишали тільки управління військами. Повноваження в інших сферах суспільного життя – адміністративні, судові та інші – передавалися царським чиновникам.
Це був початковий етап ліквідації гетьманства і елементів автономії на Україні.
Зрада гетьмана Мазепи
У процесі ліквідації українського гетьманства особлива заслуга належить Івану Мазепі. У 1687 році гетьман Мазепа і представники царської влади підписали Коломацький договір. Декларативно договір зберігав за козацькою вольницею всі даровані їм раніше привілеї. Одночасно з цим договір істотно обмежував повноваження гетьмана та козацтва. Відтепер без схвалення російського царя не можна було переобирати гетьмана і змінювати склад козацької старшини. На території Гетьманщини розміщують полк російських стрільців.
Після зради Мазепи і його втечі з загоном козаків у 1500 багнетів до шведському королю Карлу XII в 1708 році наступний гетьман В. Скоропадський був практично призначений Петром I. На полковницькі і вищі старшинські посади козацького війська стали призначати офіцерів з Росії. Процес ліквідації гетьманства на Україні набирав обертів.