Посередницька роль в богослов’ї
Після смерті Мартіна Лютера Філіп стає на чолі реформаторського руху в Німеччині та Євангельської Церкви в Саксонії. Але, як ні він хотів примирити Католицьку Церкву з представниками радикального крила Реформації, гостра критика лилася з обох сторін, і не припинялася до самої його смерті.
Меланхтон виконує місію посередника між позиціями лютеранцев, веде діалог з католицькою церквою, вступає у відносини з представниками Православної церкви. Він відправив перекладений на грецьку мову текст “Аугсбургського Сповідання” Патріархові Царгороду, тим самим вважаючи покласти початок діалогу між лютеранськими і православними богословами.
Римсько-католицька церква бачила в Реформації загрозу власному впливу та створює, як основний засіб боротьби з нею, Інквізицію. Контрреформацию очолює орден єзуїтів. Філіп Меланхтон в цей же час (1845 – 1548 рр..) готує тексти Аугсбурского і Лейпигского интеримов – тимчасових церковних обрядів, для зближення протестантів з католиками. В 1557 році він бере участь у Другій конфесійної дискусії у Вормсі і Гейдельберзі (за реформу університету).
Дружина Філіпа померла в жовтні 1557 року. Недовго прожив Філіп після її смерті. Серце великого реформатора перестало битися 19 квітня 1560 року. Поховали Меланхтона до замкової церкви Віттенберга, поруч з могилою його друга Мартіна Лютера.
