Проблеми зі здоров’ям, смерть
Незважаючи на проблеми зі здоров’ям, Ніл Федорович не припиняв лікарські консультації в різних містах центральної Росії. На початку 1902 року, під час перебування в Нижньому Новгороді, він переніс крововилив в мозок, що призвело до паралічу половини тіла. Його соратники докладали значні зусилля по його лікуванню. Деякі симптоми давали надію на одужання. Однак 26 січня 1902 року повторний інсульт призвів до того, що Філатов помер на п’ятдесят п’ятому році життя.
Спадщина Філатова, пам’ять про родоначальника російської педіатрії
Ніл Федорович Філатов по праву є гордістю російської медицини. Він виконав колосальний труд, який приніс здоров’я багатьом дітям. Заслуги його як родоначальника російської педіатрії не забуті. Його іменем називається премія, якою нагороджуються в Росії за успіхи, досягнуті у сфері боротьби з дитячими хворобами. На Садово-Актори вулиці в місті Москві велика дитяча лікарня носить його ім’я.
В місті Пензі, на батьківщині Нілу Федоровича Філатова, його пам’ятають. Обласна дитяча клінічна лікарня названа в його честь. На її території двору встановлено пам’ятник Філатову.
Зі старого фото Ніл Федорович Філатов дивиться на сучасників спокійними поглядом. Він впевнений в тому, що його знання, досвід будуть затребувані на терені боротьби з дитячими недугами.
