Викладацька діяльність, наукові праці
Приступивши до виконання нових обов’язків, Ніл Філатов намагався привернути увагу студентів і колег до проблеми дитячих хвороб. Пройшов через смерть своїх малюків, Філатов почав досконально вивчати причини високої смертності дітей у Росії. У той період основне місце серед хвороб, які забирали дитячі життя, були шлунково-кишкові захворювання і гострі інфекційні.
Грунтуючись на своєму професійному досвіді, вивчаючи і зіставляючи факти, Ніл Федорович Філатов за короткий період підготував і видав ряд знакових праць в області дитячих недуг. Так, у 1873 році він випустив монографію про дитячих диспепсії і грипі. У 1876 році видав працю про забобони у виховному процесі. У 1881 році світ побачили зібрані і систематизовані лекції про лікування катарів шлунково-кишкового тракту у дітей.
У цих роботах Ніл докладно описує методи диференційної діагностики та основи дитячого харчування. Він перший звернув увагу на склад і якість материнського молока. Саме з цього часу Ніл Філатов прийшов до висновку про те, що молоко матері є фактичним другим ліками і настійно рекомендував годувати немовлят саме їм.
Чергову велику, знакову роботу Ніл Федорович випустив в 1885 році під назвою «Лекції про дитячих інфекційних хворобах». У цій праці Філатов, визнаний вже як головний педіатр Росії, детально зупиняється на дуже поширених і небезпечних хворобах того часу, що передаються повітряно-крапельним шляхом: скарлатині, дифтерії, кору. В період випуску цієї роботи вони щорічно забирали сотні дитячих життів.
