Початок кар’єри
з 1999 до 2006 року працював юрисконсультом одночасно в двох великих державних компаніях. У той же час обіймав посаду виконавчого директора організації некомерційного типу під назвою «Ліга почесних консулів».
У 2001 році Борис був обраний на посаду генерального директора в товаристві з обмеженою відповідальністю «Північно-Західна консалтингова компанія» з Санкт-Петербурга. Роком пізніше він зайняв керівну посаду в компанії під назвою «Консалт».
Робота в уряді
Відомий російський підприємець і державний діяч не тільки був слухачем нинішнього прем’єр-міністра РФ, але й зумів отримати роботу в урядовій сфері. З 2006 року працює на посаді помічника головного заступника голови уряду РФ Дмитра Медведєва. З 2006 по 2009 рік Борис був директором Департаменту пріоритетних національних проектів. У його підпорядкуванні було сорок чоловік, які займалися визначенням основних завдань розвитку державної інфраструктури. У 2009 році цей департамент було ліквідовано, а Борис Ковальчук із-за цього залишив свою посаду, продовживши працювати в секретаріаті заступника головного уряду.