Нові руйнування
По завершенню оздоблювальних робіт в церкві почалася Вітчизняна війна 1812 року. Освятити Храм так і не встигли, так як Москва була окупована наполеонівською армією. Церква дуже сильно постраждала від безчинств французів і пожежі.
Після перемоги над наполеонівськими військами служителі церкви Симеона Стовпника за Яузой повернулися на попелище. Всі дерев’яні споруди згоріли, а нещодавно завершений красивий храм перетворився в обгорілий кам’яний остов.
Проте вже до кінця 1813 року головний храм за допомогою парафіян та жертводавців відремонтували і забезпечили церковним начинням. Відновлення інших частин тривало до 1820 року через їх великих розмірів, а також з-за того, що вони були знищені практично повністю. В кінці 1820 року Дмитрієвський приділ був відновлений і освячений.