Важкі часи
Прийшли інші часи: напад шведів і Литовського князівства в 1582 році не обійшли Сяндемскую обитель. Тоді був знищений Троїцький храм, а очолював монастиря ігумен був убитий. Старці, передчуваючи недобре, встигли занурити озеро церковне начиння і дзвони, які і понині знаходяться там.
Однак чорні дні минули, і через 50 років Троїцька церква була знову зведена, господарські будівлі потихеньку відновлювалися. На той момент в монастирі було сім старців. Проте головним наслідком Лівонської війни була практично повна втрата всіх документів, що свідчать про неоціненний внесок у заснування монастиря преподобного Афанасія.
Згарищі монастиря
1720 рік був одним з найбільш нещасливих для обителі: пожежа знищила її практично повністю. Однак копітка праця ченців і співробітників дозволив швидко відновити споруди монастиря.
В цей час та були знайдені нетлінні мощі святого Афанасія разом з чотками і дозвільної молитвою в руках. Кілька днів всі охочі могли їх побачити, а потім вони були поховані на колишньому місці. Над місцем спочинку було зведено храм, всередині якого і спочиває засновник обителі під ракою з червоного дерева.
Сяндемская обитель була розширена до 1723 року, оскільки до її складу увійшли Андрусовская і Задньо-Никифоровская пустелі.
Але через 40 років Катерина II задумала секуляризационную реформу, внаслідок якої пустель припинила своє існування на 63 роки. Що стосується церков, що належать до Сяндемской пустелі, то в 1802 році їх приєднали до Туксинскому приходу, а в 1821 році вони відійшли до Андрусовской обителі. Це давало можливість відродження чернецтва.
