У Свирском монастирі
Афанасій повернувся в обитель, яку колись очолював його наставник. Його обрали ігуменом, і, ймовірно, в цей період він отримав сан священства. У всякому разі, у 1577 році в документах обителі він називається священноиноком.
Але в цьому ж році Афанасій (тепер уже колишній ігумен Олександро-Свірського монастиря) подає прохання Новгородському архієпископу Олександру. Преподобний просить дозволу звести на місці Сяндемской пустелі храм Живоначальної Трійці та монастир при ньому. А для потреб братії відвести землі під ріллі. Архієпископ благословив починання Афанасія. Так утворився Сяндемский чоловічий монастир.
Розвиток обителі
Минав час, обитель розросталася, а праця ченців давали свої плоди. Через деякий час Свірську пустель було не впізнати: на монастирському подвір’ї в достатку були представлені продукти та необхідні господарські пристосування. А зведені при монастирі храми вражали своєю пишністю.
Ігумен Афанасій був для братії не тільки прикладом працьовитості, але і духовним наставником. Сам же він подовгу розмовляв з преподобним Адріаном Андрусівським, який також був Валаамским схимонахом. Він заснував обитель на березі Ладозького озера, так що між двома співрозмовниками була відстань в 20 верст.
Преподобний Афанасій Сяндемский залишив свою обитель процвітаючою, будучи вже глибоко в похилому віці. Поховали його на мисі Рощинського озера. А через деякий час над місцем останнього спочинку засновника монастиря був побудований храм святителів Афанасія і Кирила Олександрійських.
