Гоніння
У часи М. С. Хрущова почалася боротьба з космополітизмом, і під цю кампанію потрапило чимало талановитих митців, в тому числі і архітектор Душкін. Дружина Олексія Миколайовича згадувала, що в 1957 році, в самому розквіті творчих сил, його викинули з архітектури. Ще в 1956 році до нього почали пред’являти претензії з боку партійних і профспілкових органів. Можна сказати, що це був початок дискредитації архітектора. В 1957 році в результаті тривалих мук, викликаних Постановою «Про усунення надмірностей у проектуванні і будівництві» 1955 року, Душкін був відсторонений від усіх проектів і знятий з усіх посад. Це було великим стресом для архітектора.
Вихід з кризи
Душкін, після того як йому довелося розлучитися з великою архітектурою, став більше віддаватися живопису, яка раніше служила лише хобі. Також він починає працювати в монументальній скульптурі, створює пам’ятники в Саранську, Володимирі, монумент Гагаріна в Москві в тандемі зі скульптором Бондаренко, монумент Перемоги у Новгороді. Душкін робить кілька надгробків (Станіславським, Ейзенштейном), які можна побачити на Новодівичому кладовищі.
У 1959 році він приходить на роботу в Метродіпротранс на посаду головного архітектора. На початку 60-х років його залучають для роботи над проектами ліній метро в Ленінграді, Тбілісі, Баку, але авторських проектів вести йому не дають. У 1966 році він переносить мікроінфаркт, але продовжує працювати. У 1976 році Душкін починає писати книгу про свою творчість, але закінчити її не встигає.
