Порівняння з біологічними процесами
Можливе обмеження багатьох еволюційних алгоритмів — відсутність чіткого відмінності між генотипом і фенотипом. У природі запліднена яйцеклітина піддається складного процесу, відомого як ембріогенез, щоб стати зрілою. Вважається, що це непряме кодування робить генетичний пошук більш надійним (тобто зменшує ймовірність фатальних мутацій), а також може поліпшити здатність організму розвиватися. Такі непрямі (інакше кажучи, породжують або розвиваючі) кодування також дозволяють еволюції експлуатувати регулярність в навколишньому середовищі.
Останні роботи в області штучного ембріогенезу або системи розвитку прагнуть вирішити ці проблеми. При програмуванні експресії генів успішно досліджується область генотип-фенотипу, де перший складається з лінійних мультигенных хромосом фіксованої довжини, а другий з безлічі дерев експресії або комп’ютерних програм різних розмірів і форм.
