Новий статут
Вже з 1804 року почав діяти новий статут. Тепер керував вузом Рада університетів, в який входили професори на чолі з ректором. У той час Імператорський Московський університет обзавівся вже чотирма факультетами: моральних і політичних, лікарських і медичних, словесних і фізико-математичних наук.
Втрати
Новий етап в історії будівництва Московського державного університету розпочався під час Вітчизняної війни 1812 року. 18 серпня було отримано розпорядження про загальну евакуацію університету. Але з’ясувалося, що коштів у скарбниці було небагато, тому доводилося розставляти пріоритети.
Протидія надавали Голенищев-Кутузов (піклувальник університету) і Ростопчина (московський головнокомандуючий). Вони всіляко намагалися завадити евакуацію, радячи рятувати тільки найдорожчі і значущі речі.
Вже 30 серпня в університет приїхав обоз, який зміг відвезти цінні експонати, книги, прилади та інструменти. Багато професори і студенти були кинуті напризволяще, але ректор зміг домовитися про те, щоб на наступний день були прийняті заходи хоча б часткової евакуації учнів.
Але багато віддані професора також допомагали рятувати все, що було нажито за 60 років існування внз. Деякі навіть залишали свої особисті речі в обмін на важливі університетські експонати і пішки добиралися до Нижнього Новгорода. 18 вересня саме в цьому місті Московський університет отримав притулок.
Вночі з 4 на 5 вересня згорів головний корпус університету на Мохової, а за ним і всі прилеглі навчальні будівлі. Через 5 днів постраждали і інші будівлі вузу, в яких були влаштовані вибухи Наполеоном, осілим у Кремлі.
