Кінець республіки
Армія була розформована після німецького захоплення Чехословаччини в 1939 році. Під час Другої світової війни була відтворена у вигнанні, спочатку у формі нового чехословацького легіону, що воював разом з Польщею під час вторгнення в цю країну, а потім у формі військ, лояльних до уряду Чехословаччини у вигнанні, що базувалися в Лондоні.
У 1938 році військовослужбовці чехословацької армії і гвардійської оборони брали участь в неоголошеній прикордонній війні проти підтримуваних німцями сил Судетської федерації, а також польських і угорських воєнізованих формувань. У результаті Мюнхенської угоди райони, заселені етнічними німецькомовним населенням, були включені до складу Третього рейху, а які там проживають військовослужбовці підлягали призову в вермахт.
У складі Третього рейху: протекторат Богемії і Моравії
Після повної анексії Чехословаччини в 1939 році і створення протекторату Богемії та Моравії, уряд протекторату мало своєю власною збройною силою – урядовою армією (6500 осіб), на яку було покладено завдання по забезпеченню громадської безпеки. По іншу сторону конфлікту ряд чехословацьких підрозділів і з’єднань служив у складі Польської армії (Чехословацький легіон), Французької армії, Королівських ВПС, Британської армії (1-а Чехословацька бронетанкова бригада) та РККА. Чотири чеських і словацьких ескадрильї, що служили під початком Союзників, були передані під контроль відтвореної Чехословаччини в кінці 1945 року.
