Велика Вітчизняна війна
З початком ВВВ Мікоян зайняв пост голови Красноармійського продовольчо-речового комітету. Крім того, він був членом евакуаційного ради і держкомітету по відновленню господарства у визволених районах. З 1942 р. був членом держкомітету оборони.
06.11.1942 на Червоній площі машину Анастаса Івановича розстріляв дезертирував червоноармієць Савелій Дмитрієв, який прийняв її за автомобіль Сталіна. Зупинити злочинця, який влаштував вуличний бій, вийшло лише з допомогою двох гранат. Політик при цьому не постраждав.
1943-го за заслуги в постачанні армії продовольством і речовим майном Микояну дали звання Героя Соцпраці, вручили медаль «Серп і Молот» та ордену Леніна.
Післявоєнний час
В 1946 р. з перетворенням Раднаркому в Раду міністрів Анастас Іванович зберіг посади заступника голови ради Міністрів і міністра зовнішньої торгівлі. За його ініціативою була сформована Чеченська автономна область. Коли виникло питання про депортації інгушів і чеченців, Мікоян не погодився зі Сталіним, сказавши, що такі дії підірвуть міжнародний авторитет Радянського Союзу. З тих пір політик потрапив у опалу вождя народів, яка тривала аж до смерті Йосипа Віссаріоновича.
У 1949 р. Мікояна зняли з посади міністра зовнішньої торгівлі. Він обрався в Президію ЦК, але в бюро Президії його не включили.
