Діоксини
Деякі типи хлорорганічних сполук мають значну токсичність для рослин або тварин, включаючи людину. Діоксини, які утворюються при спалюванні органічних речовин у присутності хлору, і деякі інсектициди, такі як ДДТ, є стійкими органічними забруднювачами, які становлять небезпеку для навколишнього середовища. Наприклад, надмірне використання ДДТ у середині двадцятого століття, яке накопичується у тварин, що призвело до серйозного скорочення популяцій деяких птахів. Хлоровані розчинники при неправильному поводженні з ними та їх утилізації створюють проблеми з забрудненням підземних вод.
Деякі органохлоріди, такі як фосген, навіть використовували бойових отруйних речовин. Деякі з штучно створених і токсичних органохлоридов, таких як ДДТ, будуть накопичуватися в організмі з кожним впливом, що в кінцевому підсумку призведе до смертельного кількості, тому що організм не може їх зруйнувати або позбавитися від них. Проте присутність хлору в органічному поєднанні жодним чином не забезпечує токсичність. Багато хлорорганічні сполуки досить безпечні для вживання в їжу та ліки.
Наприклад, горох і боби містять природний хлорований рослинний гормон 4-хлориндол-3-оцтова кислота (4-Cl-IAA) і підсолоджувач сукралоза (Splenda) широко використовуються у дієтичних продуктах. Станом на 2004 рік в усьому світі було схвалено, щонайменше, 165 хлорорганічних сполук для застосування в якості фармацевтичних препаратів, включаючи антигістамінні лоратадин (кларитин), антидепресант сертралін (золофт), антиэпилептический ламотриджин (ламиктал) та інгаляційний анестетик изофлуран.
