Кілька течій
Через Юкатанский протоку проходить однойменне протягом. Вона спрямована зі сходу на захід. Потім поступово відхиляється на північ і йде великою дугою з Карибського моря, Мексиканської затоки. Поступово воно переходить у Флоридське.
Дане протягом відносно швидке, протягом року воно проганяє великі маси води. Це сприяє тому, що рівень Мексиканської затоки підвищується, тим самим викликається протягом з нього через Флоридський протоку. А це, в свою чергу, зумовлює утворення Гольфстріму.
У протоці є ще дві течії, їх масштаб і сила дещо менше. Одне з них – Кубинське протитечія. Воно рухається в східному напрямі. Друге – Юкатанское протитечія, яке пересувається на південь під Юкатанским і перекачує порівняно невеликий об’єм води в Карибське море з Мексиканської затоки.
Іхтіофауна
Лагуна Ялахау і острів Холбокс знаходяться на захід від мису Каточе. Приблизно в цьому район з’єднуються води Карибського моря і Мексиканської затоки. Тут мешкає різноманітна іхтіофауна. Так, у цьому місці найбільше скупчення китових акул у світовому океані.
Сюди вони припливають з усіх частин Атлантики і разом тримаються протягом півроку. На острові Куба, на протилежній стороні Юкатанського протоки в Північній Америці, перебувають прибережні землі, що представляють собою частина національного парку Гуанакабиби. Він є одним з найбільших в країні. А в його прибережних водах живе дельфін афаліна.
