Фауна
Наймасовішими мешканцями Аксу-Джабаглинского заповідника є птахи. З 267 різновидів пернатих 130 гніздяться на території заповідної зони, а 11 занесені в Червону Книгу. З 11 видів рептилій, що мешкають на території заповідника, безнога ящірка желтопузика теж занесена в Червону Книгу. Мешкають тут улары, куріпки, солов’ї, райські мухоловки, сині птахи та ін
Мешкає у заповіднику близько 60 видів ссавців. Представниками фауни є: сніговий барс, ведмідь, білокіготний ведмідь, гірський козел, довгохвостий бабак, вовк, рись, лисиця, дрібні ссавці (ховрахи, миші) і ін. найрідкіснішими серед них є гірський козел, марал, архар, ондатра, куниця кам’яна. 10 видів ссавців занесені до Червоної Книги, серед яких сніговий барс, бабак Мензбура західно-тяньшанський і архар. Фауна риб складається з 7 видів.
